El pantano de San Juan es el único de toda la Comunidad Madrid en el que se puede navegar, pero sólo pueden hacerlo los barcos de vela y los barcos a motor, no las motos de agua. El lugar más cercano a Madrid para poder utilizar motos de agua es el pantano que hay dentro de la urbanización de Los Ángeles de San Rafael: un embalse privado promovido por Jesús Gil, que sólo tiene autorización para uso recreativo, con obligación de mantener el mismo caudal de agua de salida que de entrada para mantener la biodiversidad del río.
El motivo de la prohibición se debe a que las motos de agua hacían mucho ruido y esto eso era muy perjudicial para las colonias de águila imperial y porque eran muy molestas para los bañistas, ya que al ser un pantano y no estar abierto como el mar, las olas que creaban se hacían muy grandes.